Theo đó, tổng mức đầu tư thực hiện quy hoạch dự kiến 16.013 tỷ đồng, phân thành 2 giai đoạn: Giai đoạn 1 (2015-2020), tổng nhu cầu kinh phí khoảng 5.020 tỷ đồng; giai đoạn 2 (2021-2030), tổng nhu cầu kinh phí khoảng 10.993 tỷ đồng. Nguồn vốn thực hiện từ ngân sách nhà nước (ngân sách trung ương và địa phương), huy động vốn ODA, nguồn vốn xã hội hóa từ việc khai thác quỹ đất và thực hiện các dự án theo hình thức BT, BOT, PPP.
UBND thành phố Hà Nội và các tỉnh tổ chức quản lý, chỉ đạo thực hiện các dự án đầu tư xây dựng, nâng cấp hệ thống đê điều; cải tạo lòng dẫn thoát lũ; cải tạo, sửa chữa, duy tu bảo dưỡng công trình đầu mối trong phạm vi quản lý của địa phương đảm bảo an toàn phòng chống lũ theo quy định, dự án di dân tái định cư ra khỏi hành lang thoát lũ. Huy động các nguồn lực của địa phương để triển khai thực hiện quy hoạch.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn công bố và chỉ đạo thực hiện quy hoạch phòng chống lũ và đê điều hệ thống sông Đáy. Các bộ Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính cân đối, bố trí nguồn vốn ngân sách trung ương để thực hiện quy hoạch theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước đảm bảo mục tiêu hiệu quả.
Thực hiện quyết định của Thủ tướng Chính phủ, UBND thành phố Hà Nội sẽ cân đối kinh phí và giao cơ quan chức năng thực hiện việc cắm mốc chỉ giới hành lang thoát lũ và đê điều sông Đáy làm căn cứ cho việc tổ chức quản lý theo quy hoạch.
Hiện nay, dự án đầu tư xây dựng Nạo vét, cải tạo lòng dẫn sông Đáy thành phố Hà Nội được Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phê duyệt đang triển khai thực hiện. Tuy nhiên, trong điều kiện hiện nay và dự kiến kế hoạch giai đoạn 2016-2020, ngân sách của thành phố Hà Nội dành cho các dự án quan trọng, trọng điểm và cấp bách của địa phương đã vượt quá khả năng cân đối. Căn cứ theo khoản 3 Điều 21 Luật Thủ đô quy định: Với một số công trình, dự án quan trọng có quy mô đầu tư lớn thuộc lĩnh vực môi trường, giao thông, thủy lợi do thành phố Hà Nội quản lý vượt quá khả năng cân đối của ngân sách địa phương thì Hà Nội đề nghị Chính phủ quyết định hỗ trợ từ ngân sách trung ương. Mặt khác, tuyến đê theo quy hoạch sông Đáy theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước và Luật Đê điều thì trách nhiệm đầu tư thuộc ngân sách trung ương và ngân sách thành phố Hà Nội…