Đối với phần diện tích do các tổ chức hợp tác tự bơm tưới, tiêu của các quận, huyện, thị xã, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp với Sở Tài chính rà soát, đối chiếu với số liệu của Cục Thống kê và Sở Tài nguyên và Môi trường, tổng hợp báo cáo UBND thành phố và đưa vào dự toán ngân sách năm của quận, huyện, thị xã để các địa phương chủ động trong phục vụ sản xuất nông nghiệp trên địa bàn.
Về công tác quyết toán kinh phí cấp bù miễn thủy lợi phí, trên cơ sở hồ sơ đề nghị quyết toán diện tích miễn thủy lợi phí hàng năm của các công ty thủy lợi, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp với Sở Tài chính thẩm tra hồ sơ quyết toán diện tích từng loại cây trồng theo biện pháp tưới, tiêu và nhu cầu kinh phí miễn thủy lợi phí tương ứng, tổng hợp báo cáo UBND thành phố. Đối với phần diện tích do các tổ chức hợp tác tự bơm tưới, tiêu, các quận, huyện, thị xã quyết toán kinh phí thực tế sử dụng với các xã, phường, thị trấn và tổng hợp vào ngân sách huyện, đồng thời tổng hợp báo cáo UBND thành phố phê duyệt theo quy định.
Năm 2013, các công ty thủy lợi và các quận, huyện, thị xã đã có báo cáo quyết toán kinh phí cấp bù miễn thủy lợi phí gửi các sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và Tài chính, tổng hợp báo cáo UBND thành phố. Năm 2014, các công ty thủy lợi và UBND quận, huyện, thị xã đang hoàn thiện hồ sơ quyết toán kinh phí cấp bù miễn thủy lợi phí. Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đang phối hợp với Sở Tài chính thẩm định hồ sơ quyết toán để trình UBND thành phố phê duyệt quyết toán kinh phí được cấp bù miễn thủy lợi phí theo quy định.
Năm 2015, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã phối hợp với Sở Tài chính tổng hợp kế hoạch diện tích, dự toán kinh phí cấp bù miễn thủy lợi phí năm 2015 theo đề nghị của 5 công ty thủy lợi và 18 quận, huyện, thị xã báo cáo UBND thành phố phê duyệt và cấp kinh phí cho các quận, huyện, thị xã và công ty thủy lợi để chủ động phục vụ sản xuất nông nghiệp trên địa bàn.