Tiểu vùng đồng bằng tích tụ (gồm khu vực huyện Phúc Thọ, Thạch Thất, Đan Phượng, Hoài Đức, Quốc Oai, Thanh Trì, Chương Mỹ, Thanh Oai, Thường Tín, Mỹ Đức, Ứng Hòa, Phú Xuyên, Thành phố Hà Nội; Huyện Duy Tiên, Kim Bảng, Thanh Liêm, Lý Nhân, Bình Lục, tỉnh Hà Nam; Huyện Kim Sơn, Yên Mô, Yên Khánh, tỉnh Ninh Bình; Huyện Mỹ Lộc, Vụ Bản, Ý Yên, Nam Trực, Trực Ninh, tỉnh Nam Định), định hướng: Tập trung xử lý nước thải từ các đô thị; thu gom, xây dựng và vận hành hệ thống xử lý nước thải tập trung đối với khu công nghiệp, cụm công nghiệp và làng nghè; nghiên cứu cải tiến công nghệ, áp dụng công nghệ sản xuất sạch hơn tại các cơ sở sản xuất.

Tiểu vùng Vườn Quốc gia Ba Vì (gồm toàn bộ diện tích Vườn Quốc Gia Ba Vì), định hướng: Bảo vệ vốn rừng và cảnh quan để bảo vệ đa dạng sinh học với các loài động thực vật quý hiếm, phát triển du lịch sinh thái.

Tiểu vùng đô thị và công nghiệp trung tâm Hà Nội (gồm khu vực nội thành thành phố Hà Nội, các đô thị vệ tinh và các cơ sở sản xuất thuộc khu vực nội thành Hà Nội ở phía Nam sông Hồng), định hướng: Đảm bảo khu vực trung tâm Hà Nội sẽ là một đô thị sinh thái, môi trường xanh, sạch, đẹp; toàn bộ nước thải sinh hoạt đô thị được xử lý đạt quy chuẩn môi trường trước khi xả thải vào sông Nhuệ; tại các khu đô thị vệ tinh, hệ thống thu gom, xử lý nước thải sinh hoạt dô thị phải được quy hoạch, thiết kế từ đầu, tách riêng hệ thống thu gom nước mưa chảy tràn và đảm bảo 100% nước thải đô thị được thu gom và xử lý đạt quy chuẩn kỹ thuật môi trường.

Tiểu vùng đô thị Sơn Tây - Miếu Môn (gồm thị xã Sơn Tây, Hòa Lạc và Miếu Môn), định hướng: Tiểu vùng đất xấu, bạc màu, năng suất cây trồng thấp, nền địa chất công trình tốt, xây dựng đô thị và phát triển khu công nghiệp.

Để thực hiện kế hoạch, sẽ triển khai một số nhiệm vụ sau:

Phòng ngừa, ngăn chặn việc phát sinh các nguồn gây ô nhiễm môi trường, khu vực ô nhiễm môi trường; Kiểm soát, xử lý, giảm thiểu phát sinh các nguồn gây ô nhiễm;

Cải tạo, phục hồi các khu vực đã bị ô nhiễm; Đầu tư xây dựng công trình hạ tầng kỹ thuật về môi trường trên lưu vực sông Nhuệ- sông Đáy: trong đó, xây dựng hệ thống xử lý nước thải tập trung tại các thành phố, thị xã; nước thải sau khi xử lý phải đạt quy chuẩn môi trường phù hợp với nguồn tiếp nhận. Đảm bảo nước thải thành phố Hà Nội được xử lý 100% trước khi đổ vào các sông: Tô Lịch, Sét, Lừ, Kim Ngưu, Nhuệ;

Đảm bảo 100% chất thải bệnh viện từ tuyến quận, huyện trở lên và 80% các trạm y tế xã, phường được xử lý; 100% các xí nghiệp có phát sinh chất thải nguy hại, nước thải được xử lý trước khi thải ra môi trường.

Quy hoạch hành lang cây xanh, diện tích rừng và các khu vực sinh thái cần được bảo vệ đến năm 2020, bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học; Tuyên truyền, nâng cao ý thức trách nhiệm về bảo vệ môi trường; Tăng cường năng lực quản lý môi trường; Tăng cường về cơ chế chính sách; Nghiên cứu khoa học, phát triển và ứng dụng công nghệ về bảo vệ môi trường; Áp dụng các công cụ kinh tế; Tăng cường hợp tác khu vực và quốc tế về bảo vệ môi trường.

Kế hoạch cũng đặt ra các nhiệm vụ, dự án ưu tiên, theo đó, các chương trình, dự án được phân chia theo 6 nhóm nhiệm vụ chính gồm:

Khắc phục các khu vực có môi trường đã bị ô nhiễm; Ngăn ngừa ô nhiễm, cải thiện môi trường; Xây dựng và phê duyệt quy hoạch sử dụng nước; Xây dựng quy hoạch bảo tồn đa dạng sinh học; Nâng cao hiệu quả phòng chống và khắc phục sự cố môi trường; Xây dựng cơ sở hạ tầng kỹ thuật bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy.

Chính phủ yêu cầu UBND các tỉnh, thành phố Trung ương thuộc lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy:

Căn cứ nội dung của kế hoạch, danh mục dự án, nhiệm vụ ưu tiên của kế hoạch, xây dựng kế hoạch bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy hàng năm của địa phương và tổ chức triển khai thực hiện.

Chủ động phát huy mọi nguồn lực trong tỉnh, thành phố theo phương châm xã hội hóa trong quá trình thực hiện Kế hoạch; chủ động đề xuất cơ chế triển khai thực hiện các nhiệm vụ trong kế hoạch; ban hành theo thẩm quyền các cơ chế, chính sách khuyến khích các tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài tham gia, đầu tư xây dựng cơ sở xử lý chất thải tại địa phương trong lưu vực.

Tổ chức giám sát đánh giá kết quả thực hiện các chỉ tiêu của Đề án tại địa phương. Định kỳ báo cáo việc thực hiện Kế hoạch này với Bộ Tài nguyên và Môi trường, Ủy ban Bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy để tổng hợp.