UBND thành phố Hà Nội tổ chức quản lý chặt chẽ quy hoạch, đặc biệt là quy hoạch ở vùng bụng chứa Vân Cốc và giữa hai đê sông Đáy, giữ mật độ xây dựng hiện nay (không vượt quá 15%).
Thủ tướng Chính phủ lưu ý, về lâu dài, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cần phối hợp với các cơ quan, đơn vị liên quan sớm nghiên cứu phương án xây dựng đập dâng sông Hồng nhằm khai thác hiệu quả nguồn tài nguyên nước, ổn định dòng chảy mùa kiệt, đảm bảo vận hành hiệu quả các hệ thống thủy lợi hai bên bờ sông và tạo điều kiện phát triển giao thông thủy.
Các Bộ, ngành liên quan và các địa phương tăng cường quản lý việc khai thác cát sỏi, nhất là trên các hệ thống sông lớn liên quan đến nhiều địa phương như sông Hồng, sông Thái Bình, sông Đồng Nai, sông Sài Gòn, sông Hậu, sông Tiền,... xây dựng quy hoạch khai thác, kế hoạch nạo vét, tận thu cát sỏi lòng sông, đảm bảo trật tự, hạn chế các tác động tiêu cực đến dòng chảy.
Trị thủy sông Hồng là một việc lớn đã được Đảng, Nhà nước ta triển khai trong nhiều năm qua, đến nay các công trình thủy điện lớn đa mục tiêu là Hòa Bình, Sơn La, Lai Châu trên sông Đà đã được đầu tư xây dựng, tham gia điều tiết dòng chảy, góp phần quan trọng trong việc trị thủy, nâng cao khả năng phòng, chống lũ nhằm đảm bảo an toàn cho Thủ đô Hà Nội và vùng đồng bằng sông Hồng, đồng thời đảm bảo nguồn nước phục vụ sản xuất trong mùa cạn. Chính phủ đã ban hành Nghị định số 04/2011/NĐ-CP ngày 14/1/2011 về việc bãi bỏ việc sử dụng các khu phân lũ, làm chậm lũ sông Hồng bảo vệ Thủ đô Hà Nội. Quy hoạch phòng, chống lũ và đê điều hệ thống sông Đáy là một trong những nhiệm vụ cần thực hiện theo Nghị định trên để “làm sống lại sông Đáy”, tạo điều kiện ổn định sản xuất, đời sống của nhân dân vùng phân lũ, chậm lũ và phát triển Thủ đô bền vững, lâu dài, nhất là trong điều kiện biến đổi khí hậu hiện nay.
Nằm ở hữu ngạn sông Hồng, sông Đáy dài 240 km có cửa vào tại Hát Môn trên sông Hồng, trước kia sông Đáy trực tiếp chuyển nước sông Hồng ra biển qua cửa Như Tân. Từ năm 1937 đã xây dựng đập Đáy, phân lũ sông Hồng vào sông Đáy bảo vệ cho thủ đô Hà Nội và vùng hạ du trong trường hợp những năm có lũ lớn như trận lũ tháng 8/1945 và tháng 8/1971. Sau trận lũ 1971, đập Đáy được cải tạo lại nhằm đảm bảo lưu lượng phân lũ qua công trình tối đa là 5000 m3/s. Tuy nhiên, theo nghiên cứu năm 2002 của một số cơ quan khoa học, khả năng phân lũ qua đập Đáy hiện nay khoảng 2800-4000 m3/s.