Hiện nay, ngành chăn nuôi của thành phố đang hình thành ngành sản xuất hàng hóa, áp dụng khoa học kỹ thuật tiên tiến, công nghệ cao vào sản xuất, chăn nuôi đạt hiệu quả kinh tế cao, đưa giá trị chăn nuôi GDP trong nông nghiệp đạt trên 50%. Thành phố đã hình thành được các vùng, xã chăn nuôi trọng điểm và chăn nuôi quy mô lớn ngoài khu dân cư, các vùng nuôi trồng thủy sản tập trung quy mô lớn. 

Xác định xây dựng liên kết chuỗi trong sản xuất nông nghiệp sẽ tạo đột phá trong các khâu từ sản xuất đến chế biến và tạo thực phẩm an toàn đến người tiêu dùng. Thành phố đã tích cực xây dựng các chuỗi liên kết, trong đó phải kế đến 17 chuỗi liên kết trong chăn nuôi tiêu thụ sản phẩm với 3.429 thành viên tham gia, 30 điểm giao dịch và 1.313 đại lý, điểm tiêu thụ sản phẩm. Trung bình mỗi ngày, các chuỗi liên kết tham gia tiêu thụ được 392.000 quả trứng, 22,35 tấn thịt lợn, 10,75 tấn gia cầm, 150 kg thịt bò, 100 tấn sữa.

Một số chuỗi liên kết đã được thành phố hỗ trợ phát triển, tạo thành thương hiệu, chất lượng và đến nay đã quen thuộc với người tiêu dùng. Đặc biệt như: Chuỗi liên kết của Công ty Cộng đồng Green Food Hà Nội, đơn vị này đã hình thành chuỗi liên kết khép kín từ sản xuất thức ăn, tổ chức chăn nuôi, quy trình giết mổ tập trung, phân phối sản phẩm qua các hệ thống cửa hàng, không qua khâu trung gian nên sản phẩm trực tiếp đến tay người tiêu dùng. Công ty có năng lực sản xuất với 1 nhà máy chế biến thức ăn chăn nuôi công suất 150.000 tấn/năm; 80 trang trại chăn nuôi; 1 nhà máy giết mổ lợn và chế biến thực phẩm công suất 600 con/ngày; 1 nhà máy giết mổ và chế biến gia cầm công suất 20.000 con/ngày. Hay sản phẩm của Công ty cổ phần Thực phẩm sạch 3F phân phối có sự liên kết của 200 trang trại gà, 15 trại lợn rừng và trại lợn rừng giống gốc 750 nái… Ngoài ra, còn có chuỗi chăn nuôi tiêu thụ sản phẩm trứng Tiên Viên; Chuỗi liên kết của Công ty sữa quốc tế IDP; Chuỗi liên kết của Công ty Cổ phần Thực phẩm Minh Dương; các công ty CP, DaBaCo, Japfa…

Đối với các sản phẩm RAT, để hạn chế tình trạng sản xuất nhỏ lẻ, manh mún do hộ cá thể từ chủ gây khó khăn cho việc quản lý chất lượng nông sản. Thành phố đã xây dựng các HTX để đứng ra tổ chức tiêu thụ RAT cho nông dân: HTX Văn Đức - Gia Lâm, HTX Đại Lan - xã Duyên Hà - Thanh Trì, HTX Thanh Đa - Phúc Thọ, HTX Đặng Xá - Gia Lâm… Mặc dù sản lượng tiêu thụ RAT của các HTX so với sản lượng của vùng là chưa nhiều xong đây là bước khởi đầu cho hoạt động tiêu thụ RAT của các vùng sản xuất.

Bên cạnh việc nâng cao vai trò quản lý của nhà nước, thành phố cũng có chính sách khuyến khích các doanh nghiệp tham gia đầu tư thuê đất sản xuất của nông dân để tự sản xuất RAT cung cấp cho thị trường, sản lượng hàng ngày cho ra thị trường trung bình 500-700kg/doanh nghiệp/ngày, thời điểm cao có ngày 2.000 đến 3.000 kg/ngày. Tính đến nay có 15 doanh nghiệp đang tham gia sản xuất, kinh doanh RAT trên địa bàn thành phố tham gia một phần chuỗi tiêu thụ như: Công ty Đông Á, Công ty Phát triển nông nghiệp đô thị, Công ty Hà An, Công ty Việt Liên…

Cùng với việc giám sát chặt chẽ tại các khâu trong quá trình sản xuất nông sản, thành phố cũng tích cực kiểm tra công tác đảm bảo chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm tại các cơ sở giết mổ gia súc gia cầm, cơ sở kinh doanh đầu mối các loại rau, củ, quả, các sản phẩm thủy sản. Theo báo cáo của Sở Nông nghiệp và PTNT Hà Nội từ đầu năm 2014 đến nay Sở đã tiến hành kiểm tra 29 cơ sở kinh doanh nông sản và thủy sản tham gia mô hình ATTP theo chuỗi do Cục QLCL nông sản cung cấp, trong đó đã phát hiện 5 cơ sở kinh doanh không đầy đủ các sản phẩm đã nêu trong chuỗi, kiểm tra tại các siêu thị, chợ đầu mối.

Trong thời gian tới, thành phố sẽ tập trung đầu tư phát triển một số cây trồng vật nuôi năng suất, chất lượng và giá trị cao, phát triển trọng tâm trọng điểm theo vùng xã trọng điểm theo quy hoạch. Đặc biệt, khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào lĩnh vực xây dựng chuỗi cung ứng thịt và rau cung cấp cho nhu cầu của thành phố. Giảm dần chăn nuôi nhỏ lẻ, phân tán trong khu dân cư, đầu tư ứng dụng công nghệ cao trong sản xuất nông nghiệp đặc biệt là lĩnh vực chăn nuôi, trồng trọt, nuôi trồng thủy sản theo hướng xây dựng trong chuỗi sản xuất đảm bảo an toàn trong chăn nuôi. 

Ngoài ra, thành phố cũng sẽ nhân rộng các mô hình chuỗi liên kết khép kín từ sản xuất, sơ chế, bảo quản, tiêu thụ sản phẩm theo hướng cung cấp sản phẩm tại các địa phương và liên kết tiêu thụ sản phẩm với các doanh nghiệp. Xây dựng thương hiệu cho từng chuỗi liên kết đối với chăn nuôi và định hướng thị trường cho các chuỗi phù hợp với năng lực sản xuất, nhu cầu thị trường.