Chi cục Thủy sản Hà Nội được thành lập theo Quyết định số 1897/QĐ-UBND ngày 07 tháng 11 năm 2008 của Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội trên cơ sở hợp nhất Chi cục Thủy sản Hà Nội trực thuộc Sở Nông nghiệp & PTNT Hà Nội (cũ) và Chi cục Thủy sản Hà Tây trực thuộc Sở Nông nghiệp & PTNT tỉnh Hà Tây (cũ).
Chức năng: Chi cục thủy sản Hà Nội có chức năng tham mưu giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp & PTNT thành phố Hà Nội, UBND thành phố Hà Nội thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về lĩnh vực thủy sản trên địa bàn thành phố Hà Nội.

II. Nhiệm vụ và quyền hạn:
1. Tham mưu cho Giám đốc Sở Nông nghiệp & PTNT thành phố Hà Nội xây dựng quy hoạch phát triển kế hoạch dài hạn, ngắn hạn và hàng năm, các Chương trình, dự án về hoạt động thủy sản trên địa bàn Thành phố trình UBND Thành phố phê duyệt;
2. Giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp & PTNT thành phố Hà Nội soạn thảo các Quyết định, Chỉ thị về lĩnh vực thủy sản trên địa bàn Thành phố trình UBND Thành phố ban hành;
3. Giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp & PTNT thành phố Hà Nội tổ chức, chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra việc thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, quy hoạch phát triển kế hoạch dài hạn năm năm và hàng năm, các chương trình, dự án về hoạt động Thủy sản đã được phê duyệt. Thông tin tuyên truyền phổ biến giáo dục pháp luật về Thủy sản thuộc phạm vi quản lý của Sở trên địa bàn Thành phố;
4. Giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp & PTNT về công tác quản lý nuôi trồng Thủy sản:
a) Kiểm tra việc phát triển nuôi trồng Thủy sản trên địa bàn thành phố Hà Nội theo đúng quy hoạch, kế hoạch đã được phê duyệt;
b) Hướng dẫn kiểm tra việc thực hiện quy định của pháp luật về sản xuất, kinh doanh giống, di giống, nhập giống, thuần hóa giống, chọn giống thủy sản. Các loại thức ăn, thuốc, hóa chất, chế phẩm sinh học, vi sinh vật thú y thủy sản sử dụng trong nuôi trồng thủy sản trên địa bàn Thành phố;
c) Phối hợp với các cơ quan chuyên môn trong việc kiểm soát ảnh hưởng của thuốc bảo vệ thực vật và chất thải công nghiệp đến nuôi trồng thủy sản trên địa bàn Thành phố;
5. Giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp & PTNT về công tác quản lý khai thác thủy sản: Chỉ đạo hướng dẫn kiểm tra việc phát triển loại ngành nghề khai thác thủy sản theo quy định của pháp luật. Phối hợp với các cơ quan liên quan trong việc dự báo ngư trường và nguồn lợi thủy sản tại Thành phố;
6. Về quản lý chế biến và thương mại thủy sản:
a) Kiểm tra việc phát triển các cơ sở chế biến thủy sản, chợ cá theo quy hoạch và kế hoạch phát triển của Thành phố;
b) Phối hợp hướng dẫn chỉ đạo hoạt động xúc tiến thương mại, phát triển thị trường về thủy sản theo quy định của Pháp luật. Định hướng cho các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh thủy sản trong việc tìm kiếm thông tin thị trường.
7. Về công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản:
Chịu trách nhiệm kiểm tra việc thực hiện quy định của pháp luật về các ngành nghề và các phương tiện cấm sử dụng trong khai thác thủy sản, danh mục các giống loài thủy sản cần bảo vệ, cần bảo tồn quỹ gen và cấm khai thác, cấm xuất khẩu
8. Về quản lý công tác thú y Thủy sản:
a) Hướng dẫn việc thực hiện quy định củ pháp luật về sử dụng thức ăn, hóa chất, thuốc, chế phẩm sinh học, vi sinh vật dùng trong nuôi trồng thủy sản;
b) Tổ chức kiểm dịch thủy sản trên địa bàn Thành phố theo quy định của Pháp luật;
c) phát hiện và báo cáo Sở Nông nghiệp & PTNT trình UBND Thành phố công bố bãi bỏ quyết định công bố dịch bệnh thủy sản. Tổ chức, chỉ đạo hoạt động dập tắt dịch bệnh thủy sản và phục hồi môi trường sau khi dịch bệnh được dập tắt;
d) Kiểm tra điều kiện, thực hiện cấp chứng chỉ hoặc thu hồi chứng chỉ hành nghề thú y thủy sản theo quy định của pháp luật.
8. Kiểm tra chứng nhận, hủy bỏ chứng nhận điều kiện vệ sinh theo quy định của pháp luật với các cơ sở sản xuất, kinh doanh thủy sản;
9. Thực hiện công tác hợp tác Quốc tế trong hoạt động Thủy sản trên địa bàn Thành phố theo quy định của Pháp luật;
10. Hướng dẫn và kiểm tra hoạt động của các tổ chức sự nghiệp, dịch vụ, các tổ chức kinh tế về thủy sản trên địa bàn Thành phố theo quy định của Pháp luật;
11. Giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp & PTNT Hà Nội hướng dẫn UBND các Quận, Huyện, Thị xã thực hiện nhiệm vụ quản lý Nhà nước về Thủy sản;
12. Thực hiện công tác Thanh tra chuyên ngành thủy sản thuộc thẩm quyền theo quy định của Pháp luật;
13. Tổ chức thực hiện công tác thông tin, thống kê báo cáo về tình hình quản lý thủy sản trên địa bàn Thành phố;
14. Thực hiện quy hoạch đào tạo, bồi dưỡng xây dựng đội ngũ cán bộ thuộc thẩm quyền quản lý;
15. Quản lý tài chính, tài sản, tổ chức bộ máy và cán bộ, công chức, viên chức thuộc Chi cục theo phân cấp của UBND Thành phố, Giám đốc Sở và quy định của Pháp luật;
16. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Sở giao.