Với 2 nhiệm vụ chính: \"ngoài công việc tăng gia sản xuất cấp tốc để giải quyết nạn đói trong phạm vi tình thế hiện thời, sẽ có nhiệm vụ sửa soạn một chương trình kiến thiết về kinh tế nông nghiệp sau này và đặt những căn bản đầu tiên cho cuộc kiến thiết ấy\"
Trong kháng chiến chống thực dân Pháp, nhiệm vụ chủ yếu của Bộ Canh nông là chỉ đạo các Ty Canh nông trong toàn quốc thực hiện các chương trình, kế hoạch về nông nghiệp, nông thôn của Chính phủ và của Bộ. Thực hiện công tác giảm tô, giảm tức, từng bước đưa ruộng đất về tay dân cày. Chăm lo công tác đê điều, thủy lợi, phát triển nghề chăn nuôi. Tổng hợp số liệu báo cáo Chính phủ, dự thảo sắc lệnh về đất đai, địa tô… cùng các thành viên trong Hội đồng liên bộ kinh tế điều hòa kế hoạch giữa các Bộ, đề ra chương trình hoạt động kinh tế của Chính phủ.
Để nâng cao đời sống kinh tế của đồng bào Việt Bắc, cải thiện phương thức canh tác nông nghiệp của nhân dân. Đầu năm 1949, Bộ Canh nông đã trình Chính phủ bản kế hoạch Canh nông Việt Bắc. Điểm nhấn của kế hoạch này là thay đổi căn bản phương thức sản xuất truyền thống của nhân dân Việt Bắc, đem lại hiệu quả kinh tế trong quá trình sản xuất.
Trong chương trình hoạt động của Bộ Canh nông, vấn đề đê điều, thủy lợi luôn được quan tâm, là một trong những trọng điểm chỉ đạo. Trên cơ sở tham mưu của Bộ Canh nông, ngày 18/6/1949, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã ký Sắc lệnh số 68/SL ấn định thi hành công tác thủy nông và thể lệ bảo vệ công trình thủy lợi.
Với những cố gắng của Bộ Canh nông, công cuộc cải cách ruộng đất đã bắt đầu được thực hiện, chính sách ruộng đất đã củng cố thêm niềm tin của nhân dân với cuộc kháng chiến.
Tháng 8/1949, Bộ Canh nông tổ chức Hội nghị Canh nông Việt Bắc để đánh giá công tác nông nghiệp, nông thôn, đề ra kế hoạch hoạt động cho các địa phương. Nhân dịp này, Chủ tịch Hồ Chí Minh gửi thư động viên và đóng góp một số ý kiến cho Hội nghị. Bức thư có đoạn:
“Việc đặt kế hoạch phải sát với tình hình của địa phương. Thành tích sản xuất phải được tổng kết. Cán bộ phải đi sát với dân, bám dân và đề xuất được nhiều phương pháp và biện pháp thi đua với tinh thần chiến sĩ xung phong trong mọi việc”.
Cũng trong giai đoạn này, Bộ Canh nông đã chỉ đạo đẩy mạnh hơn nữa việc tăng gia sản xuất, tăng sản lượng và giá trị kinh tế nông nghiệp phục vụ đời sống và cuộc kháng chiến. Bộ Canh nông đã soạn thảo nhiều sắc lệnh về ruộng đất trình Chính phủ ban hành.