Hiện tại, chợ do Tổng Công ty Thương mại Hapro quản lý, thời gian qua, khu chợ đã được nhiều cơ quan liên quan và công ty tăng cường quản lý nâng cao hiệu quả hoạt động. Tuy nhiên, về điều kiện môi trường và vệ sinh tại khu vực chợ chưa đảm bảo, đặc biệt nền, sàn chợ thấp, nhiều chỗ trũng, đọng nước, nhất là khi trời mưa làm cho các khu vực kinh doanh mất vệ sinh, môi trường bị ô nhiễm nặng. Riêng khu kinh doanh sản phẩm động vật chỉ có 1 khu kinh doanh gia cầm có mái che, toàn bộ các hộ kinh doanh thịt lợn và một số kinh doanh gia cầm và sản phẩm động vật khác nằm ở ngoài trời. Khi thời tiết mưa, các hộ phải di tản vào các nơi, kể cả vỉa hè, lòng đường nên rất khó quản lý và không đảm bảo điều kiện vệ sinh thú y. Mặt khác, đây là chợ đầu mối số lượng các sản phẩm nông nghiệp lớn lại tập trung vào thời điểm sáng sớm nên lượng người, các loại phương tiện ra vào chợ là quá lớn, việc quản lý của các cơ quan chức năng gặp rất nhiều khó khăn, phức tạp.

Xuất phát từ thực trạng trên, để đảm bảo tăng cường quản lý sản phẩm nông nghiệp nói chung, động vật và sản phẩm động vật nói riêng, Chi cục Thú y đề nghị Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tổ chức làm việc với UBND quận Hoàng Mai và Công ty Thương mại Hapro để triển khai việc tăng cường quản lý. Trước mắt, tập trung cải tạo nâng cấp chợ đầu mối phía Nam đảm bảo vệ sinh môi trường, vệ sinh thú y tại chợ. Cùng với đó, tham mưu, đề xuất với UBND thành phố chỉ đạo các ngành liên quan tăng cường các giải pháp quản lý. Thành lập tổ kiểm tra liên ngành để kiểm tra giám sát các sản phẩm lưu thông tại chợ. Chỉ đạo các ngành liên quan thuộc Sở phối hợp với Chi cục Thú tăng cường quản lý kinh doanh sản phẩm nông nghiệp, động vật và sản phẩm động vật tại chợ.