Theo Quyết định số 1382/QĐ-SNN ngày 29 tháng 7 năm 2020, các Phòng chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Trung tâm Bảo vệ môi trường trong sản xuất nông nghiệp và Xây dựng nông thôn mới Hà Nội là bộ phận tham mưu, giúp Chánh Văn phòng điều phối Chương trình xây dựng nông thôn mới Thành phố, Giám đốc Trung tâm thực hiện nhiệm vụ được giao; Làm việc theo chế độ Thủ trưởng và nguyên tắc tập trung dân chủ; Mọi hoạt động đều phải tuân thủ quy định của pháp luật và Quy chế làm việc của Trung tâm.

Trung tâm Bảo vệ môi trường trong sản xuất nông nghiệp và Xây dựng nông thôn mới Hà Nội có 05 phòng gồm:

- Phòng Tổ chức - Hành chính: Giúp Giám đốc Trung tâm thực hiện về công tác tổ chức, lao động, tiền lương và công tác hành chính quản trị toàn Trung tâm.

- Phòng Kế hoạch - Tổng hợp: Giúp Giám đốc Trung tâm xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch bảo vệ môi trường trong sản xuất nông nghiệp và xây dựng nông thôn mới; Giám sát kết quả, đôn đốc thực hiện kế hoạch và tổng hợp, thống kê, báo cáo.

Giúp Giám đốc Trung tâm thực hiện nhiệm vụ quản lý tài chính, kế toán của Trung tâm theo quy định hiện hành của Nhà nước.

- Phòng Kỹ thuật Môi trường: Giúp Giám đốc Trung tâm chỉ đạo, quản lý kỹ thuật về môi trường trong sản xuất nông nghiệp và xây dựng nông thôn mới theo quy định hiện hành.

Chủ trì, phối hợp với phòng truyền thông và các phòng khác thuộc trung tâm thực hiện nhiệm vụ được giao thuộc lĩnh vực bảo vệ môi trường trong sản xuất nông nghiệp và xây dựng nông thôn mới

- Phòng Truyền thông: Giúp Giám đốc Trung tâm thực hiện các nhiệm vụ truyền thông; phối hợp với các phòng chuyên môn khác thuộc Trung tâm thực hiện nhiệm vụ bảo vệ môi trường nông thôn và xây dựng nông thôn mới tại địa phương theo quy định của pháp luật

- Phòng Nghiệp vụ: Tham mưu, giúp việc Chánh Văn phòng Điều phối Chương trình xây dựng nông thôn mới Thành phố và Giám đốc Trung tâm quản lý và tổ chức thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới trên địa bàn Thành phố.

Các phòng thuộc Trung tâm Bảo vệ môi trường trong sản xuất nông nghiệp và Xây dựng nông thôn mới Hà Nội có Trưởng phòng và không quá 02 (hai) Phó Trưởng phòng và một số viên chức theo Đề án vị trí việc làm