Chi cục Thú y Hà Nội được thành lập theo Quyết định số: 1898/QĐ-UBND ngày 07 tháng 11 năm 2008 của UBND Thành phố Hà Nội. Trên cơ sở hợp nhất Chi cục Thú y Hà Tây trực thuộc sở Nông nghiệp và PTNT Hà Tây (cũ) với Chi cục Thú y Hà Nội trực thuộc sở Nông nghiệp và PTNT Hà Nội(cũ).

I. Sơ đồ cơ cấu tổ chức:
     Bao gồm các phòng chức năng và các đơn vị trực thuộc Chi cục Thú y
1.1. Các Phòng chuyên môn, nghiệp vụ: 04 phòng.
   - Phòng Hành chính - Tổ chức;
   - Phòng Kế Hoạch - Tài Vụ;
   - Phòng Dịch tễ;
   - Phòng Kiểm Dịch Động Vật;
1.2. Các đơn vị quản lý hành chính trực thuộc Chi cục: 33 đơn vị.
   1. Trạm Thú y Ba Vì
   2. Trạm Thú y Sơn Tây
   3. Trạm Thú y Phúc Thọ
   4. Trạm Thú y Thạch Thất
   5. Trạm Thú y Đan Phượng
   6. Trạm Thú y Quốc Oai
   7. Trạm Thú y Hoài Đức
   8. Trạm Thú y Chương Mỹ
   9. Trạm Thú y Thanh Oai
   10. Trạm Thú y Ứng Hòa
   11. Trạm Thú y Mỹ Đức
   12. Trạm Thú y Thường Tín
   13. Trạm Thú y Phú Xuyên
   14. Trạm Thú y Mê Linh
   15. Trạm Thú y Đông Anh
   16. Trạm Thú y Sóc Sơn
   17. Trạm Thú y Từ Liêm
   18. Trạm Thú y Thanh Trì
   19. Trạm Thú y Gia Lâm
   20. Trạm Thú y Long Biên
   21. Trạm Thú y Hà Đông
   22. Trạm Thú y Thanh Xuân
   23. Trạm Thú y Tây Hồ
   24. Trạm Thú y Hai Bà Trưng
   25. Trạm Thú y Hoàng Mai
   26. Trạm Thú y Hoàn Kiếm
   27. Trạm Thú y Đống Đa
   28. Trạm Thú y Cầu Giấy
   29. Trạm Thú y Ba Đình
   30. Đội kiểm dịch động vật lưu động
   31. Trạm KDĐV Ba La
   32. Trạm KDĐV Ngọc Hồi
   33. Trạm KDĐV Dốc Lã
II. Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn:
2.1. Chức năng:
     Chi cục Thú y Hà nội có chức năng nhiệm vụ tham mưu, giúp Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thành phố Hà Nội thực hiện chức năng Quản lý nhà nước và giải quyết thủ tục hành chính về công tác thú y trong các hoạt động:
        - Cấp mới, cấp đổi chứng chỉ hành nghề thú y.
        - Xử lý ổ dịch.
        - Xây dựng và triển khai kế hoạch phòng chống dịch.
        - Thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra thú y (phòng chống dịch bệnh, kiểm dịch, kiểm soát giết mổ, vệ sinh thú y và quản lý hành nghề thú y)
2.2. Nhiệm vụ và quyền hạn:
    - Xây dựng kế hoạch, biện pháp để triển khai thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật về thú y của nhà nước báo cáo Sở Nông Nghiệp và Phát triển Nông thôn Thành Phố Hà Nội trình UBND Thành phố quyết định; hướng dẫn tuyên truyền; phổ biến và kiểm tra việc thực hiện các  quy định của Nhà nước và Thành phố về thú y đối với các tổ chức, cá nhân trên địa bàn Thành Phố;
    - Tổ chức điều tra khảo sát tình hình dịch bệnh gia súc, gia cầm, chỉ đạo việc phòng chống dịch bệnh cho động vật, thông báo dịch bệnh động vật, kiểm tra vùng có dịch bệnh, xây dựng vùng, cơ sở an toàn dịch bệnh, đề xuất và hướng dẫn các biện pháp phòng chống, khống chế, thanh toán dịch bệnh động vật;
    - Trực tiếp quản lý  quỹ phòng chống dịch bệnh đông vật của Thành phố trên cơ sở các quy định hiện hành của Nhà nước và Thành Phố;
    - Chịu trách nhiệm kiểm dịch theo quy định và cấp giấy chứng nhận kiểm dịch đối với động vật, sản phẩm động vật vận chuyển trong nước;
    - Giúp Sở Nông nghiệp và PTNT Thành Phố Hà Nội xây dựng quy hoạch địa điểm cơ sở giết mổ động vật tập trung tren địa bàn, kiểm soát giết mổ, kiểm tra vệ sinh thú y và hướng dẫn xử lý chất thải động vật tại các cơ sở giết mổ, sơ chế động vật phục vụ cho tiêu dùng nội địa theo đúng quy trình quy định và xử lý các trường hợp sai phạm theo thẩm quyền;
    - Tổ chức tạp huấn, bồi dưỡng chuyên môn, nghiệp vụ, pháp luật về thú y cho các đối tượng kinh doanh thuốc thú y, chế phẩm sinh học, vi sinh vật, hóa chất dùng trong thú y; cấp chứng chỉ hành nghề theo quy định;
    - Thanh tra, kiểm tra việc thực hiện các quy định về vệ sinh thú y các cơ sở kinh doanh thuốc thú y, chế phẩm sinh học, vi sinh vật, hóa chất dùng trong thú y; xử lý hướng dẫn, tiêu hủy chế phẩm sinh học, vi sinh vật, hóa chất, thuốc thú y giả không có trong danh mục được cấp phép lưu hành tại Việt Nam;
    - Quản lý tài chính, tài sản, tổ chức bộ máy và cán bộ, công chức, viên chức thuộc Chi cục phân cấp của UBND Thành phố, Giám đốc Sở và quy định của Pháp luật;
    - Thực hiện các nhiệm vụ khác do Giám đốc Sở giao.