Về phát triển nông nghiệp, trong 3 năm qua, huyện đã phê duyệt 21 dự án chuyển đổi cơ cấu cây trồng vật nuôi, trong đó có 13 dự án sản xuất rau an toàn, 6 dự án sản xuất hoa chất lượng cao, 01 dự án lúa - cá, 01 dự án cây ăn quả; phê duyệt và hỗ trợ xây dựng cơ sở hạ tầng đường giao thông, hệ thống điện, kênh mương nội đồng cho 13 dự án sản xuất. Tổng diện tích chuyển đổi cơ cấu cây trồng đến nay được 694,05 ha. Huyện đã xây dựng được nhãn hiệu tập thể Bưởi tôm vàng Đan Phượng. Năm 2013, ước giá trị sản xuất nông nghiệp, thủy sản đạt 282 tỷ đồng (bằng 108,05% so với năm 2010), trong đó: trồng trọt 125 tỷ đồng, chăn nuôi 145 tỷ đồng, thủy sản 12 tỷ đồng.
Trong phát triển nông nghiệp, huyện phấn đấu đến năm 2015, tốc độ tăng trưởng giá trị sản xuất nông nghiệp đạt 1,6% trở lên. Giá trị sản xuất nông nghiệp đạt 290 triệu đồng/ha Diện tích trồng rau an toàn và hoa tập trung đạt 500 ha, diện tích cây ăn quả 400 ha. Chăn nuôi ổn định với đàn lợn 50.300 con, đàn gia cầm 305.000 con, đàn trâu bò 1.000 con. Chuyển đổi cơ bản các diện tích đang cấy lúa kém hiệu quả sang trồng cây hàng năm có giá trị kinh tế cao, trồng lúa kết hợp với nuôi trồng thủy sản, thủy cầm.