Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật Hà Nội là tổ chức hành chính trực thuộc Sở Nông nghiệp & PTNT Hà Nội; Có chức năng giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp & PTNT tham mưu cho UBND Thành phố thực hiện chức năng quản lý nhà nước chuyên ngành và tổ chức thực thi pháp luật về sản xuất trồng trọt, giống cây trồng nông nghiệp, sử dụng đất để sản xuất nông nghiệp, phân bón, bảo vệ thực vật, kiểm dịch thực vật nội địa, thuốc bảo vệ thực vật, khử trùng và quản lý dịch vụ công thuộc phạm vi lĩnh vực được giao trên địa bàn thành phố Hà Nội.

Hiện tại, cơ cấu tổ chức của đơn vị: Văn phòng Chi cục gồm có: Ban lãnh đạo Chi cục; 04 phòng chức năng là phòng Bảo vệ thực vật, phòng Trồng trọt, phòng Thanh tra - Pháp chế và phòng Hành chính - Tổng hợp; 22 Trạm trực thuộc gồm: 21 trạm Trồng trọt và BVTV cấp huyện, 01 trạm KDTV nội địa.