1. Sơ đồ cơ cấu tổ chức

2. Chức năng nhiệm vụ và quyền hạn
2.1 Chức năng
    Chi cục BVTV Hà Nội có chức năng tham mưu giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn thành phố Hà Nội và UBND Thành phố Hà Nội thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về lĩnh vực bảo vệ thực vật và kiểm dịch thực vật trên địa bàn thành phố Hà Nội.
2.2 Nhiệm vụ và quyền hạn
- Tham mưu cho Giám đốc Sở Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn thành phố Hà Nội, UBND Thành phố trong việc xây dựng và chỉ đạo thực hiện quy hoạch, kế hoạch, các văn bản quy phạm pháp luật về bảo vệ và kiểm dịch thực vật;
- Xây dựng các chương trình, nghiệp vụ, kế hoạch công tác năm, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức thực hiện các chương trình, kế hoạch phục vụ công tác bảo vệ và kiểm dịch thực vật;
- Thực hiện điều tra, phát hiện, dự tính dự báo thời gian phát sinh, phạm vi và mức độ gây hại của những sinh vật gây hại chính trên một số cây trồng chủ yếu; Thông báo kịp thời tình hình diễn biến của sinh vật gây hại; Đề xuất chủ trương và hướng dẫn biện pháp kỹ thuật phòng, chống và khắc phục hậu quả sinh vật gây hại tài nguyên thực vật; Thực hiện cập nhật, lưu trữ và khai thác thông tin về BVTV phục vụ cho công tác chỉ đạo;
- Quản lý chất lượng nông sản trên địa bàn Thành phố, trọng tâm là chỉ đạo sản xuất rau, quả, hoa đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm trên địa bàn Thủ đô;
- Thực hiện phân tích, kiểm định chất lượng rau quả trên địa bàn Hà Nội. Xây dựng và chỉ đạo thực hiện công tác chất lượng vệ sinh an toàn thực phẩm, các biện pháp bảo vệ môi trường trong sản xuất nông nghiệp có liên quan đến bảo vệ thực vật theo sự phân công của Giám đốc Sở Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn thành phố Hà Nội;
- Tổ chức thử nghiệm thuốc bảo vệ thực vật để hướng dẫn nông dân phòng trừ sâu, bệnh trên cây nông nghiệp, lâm nghiệp và cây xanh, hướng dẫn các tổ chức, cá nhân thực hiện các mô hình nông nghiệp sinh thái. Tổ chức thực hiện công tác khuyến nông, khuyến lâm bảo vệ thực vật trên địa bàn Tỉnh; Thực hiện khảo sát thực nghiệm và ứng dụng những tiến bộ kỹ thuật công nghệ chuyên ngành phục vụ cho sản xuất địa phương;
- Tổ chức và thực hiện công tác kiểm dịch thực vật địa phương bao gồm: Công tác kiểm dịch thực vật nội địa; công tác kiểm dịch thực vật nhập khẩu, xuất khẩu địa phương qua các cửa khẩu biên giới địa phương và các đầu mối giao thông khác có trao đổi hàng hóa là thực vật, sản phẩm thực vật trong phạm vi giữa hai tỉnh biên giới theo phân cấp và hướng dẫn của Cục bảo vệ thực vật; Thực hiện một số khâu của công tác kiểm dịch thực vật xuất nhập khẩu Quốc gia và quá cảnh qua các cửa khẩu địa phương hoặc cửa khẩu Quốc gia theo ủy nhiệm của cơ quan kiểm dịch thực vật Trung ương; Tổ chức và quản lý công tác khử trùng sản phẩm thực vật bảo quản tại địa phương theo quy định của Pháp luật;
- Thực hiện và chịu trách nhiệm về cấp, thu hồi giấy phép làm dịch vụ bảo vệ thực vật, thuốc bảo vệ thực vật, khử trùng sản phẩm thực vật theo ủy quyền của Giám đốc Sở Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn thành phố Hà Nội, được thu lệ phí và phí tổn về công tác bảo vệ và kiểm dịch thực vật theo hướng dẫn của Pháp luật;
- Thực hiện hợp đồng và hướng dẫn, quản lý nhân viên kỹ thuật cấp cơ sở theo quy định của Pháp luật; Hướng dẫn chuyên môn nghiệp vụ và phổ biến pháp luật và kiến thức về bảo vệ & kiểm dịch thực vật đối với nhân viên kỹ thuật cấp xã, những người làm công tác bảo vệ thực vật trong các đơn vị kinh tế và nông dân có hoạt động trồng trọt và kiểm tra việc thực hiện quy chế quản lý, phối hợp công tác và chế độ thông tin báo cáo của các đơn vị trực thuộc Chi cục Bảo vệ thực vật cấp tỉnh đặt trên địa bàn cấp huyện với UBND cấp huyện; Các nhân viên kỹ thuật trên địa bàn xã với UBND cấp xã;
- Phối hợp với các tỉnh quản lý, chỉ đạo sản xuất rau an toàn cung cấp cho Hà Nội;
- Thực hiện hợp tác quốc tế về các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý theo phân cấp của Sở Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn thành phố Hà Nội và quy định của pháp luật;
- Tổ chức và thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra và giải quyết khiếu nại, tổ cáo, chống tham nhũng, tiêu cực và xử lý vi phạm theo quy định của Pháp luật về việc chấp hành pháp luật bảo vệ và kiểm dịch thực vật của các tổ chức, cá nhân có hoạt động có liên quan đến công tác bảo vệ thực vật trên địa bàn Thành phố;
- Thực hiện quản lý tài chính, tài sản; Quản lý cán bộ, công chức, viên chức và người lao động theo quy định của Pháp luật và phân cấp của Sở Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn thành phố Hà Nội; Tổ chức, đào tạo, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ về bảo vệ thực vật cho cán bộ, công chức, viên chức bảo vệ thực vật theo quy định của Bộ Nông nghiệp & PTNT và UBND Thành phố;
- Thực hiện chế độ báo cáo tình hình công tác bảo vệ thực vật, kiểm dịch thực vật và các hoạt động khác có liên quan ở địa phương theo định kỳ và đột xuất theo quy định của ngành;
- Thực hiện một số nhiệm vụ khác được Sở và Thành phố giao.
3. Tóm lược quá trình hình thành và phát triển:
Chi cục BVTV Hà Nội được thành lập theo quyết định số 3000/QĐ-TC ngày 23/8/1985 trên cơ sở chuyển từ Trạm bảo vệ thực vật thành phố.
Đến ngày 07/11/2008, UBND Thành phố Hà Nội ban hành quyết định số 1899/QĐ-UBND về việc thành lập Chi cục BVTV Hà Nội trên cơ sở hợp nhất Chi cục BVTV Hà Nội với Chi cục BVTV Hà Tây.
Trong quá trình phát triển, Chi cục BVTV Hà Nội đã vinh dự được Nhà nước tặng thưởng:
-Năm 1992 được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng ba.
-Năm 1996 được Nhà nước tặng thưởng Huân chương chiến công hạng ba.
-Năm 1997 được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng hai.
-Năm 2004 được tặng  cờ thi đua của Chính phủ.
-Năm 2006 được Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao động hạng nhất.
- Năm 2011, được Chính phủ tặng bằng khen.
Ngoài ra, Chi cục cũng đã nhận được nhiều phần thưởng cao quí khác như: Bằng khen của của Bộ Nông nghiệp & PTNT Hà Nội, Cờ thi đua của UBND Thành phố,...