Căn cứ vào các tình huống trên, Ban Chỉ đạo phòng chống dịch cúm gia cầm thành phố là đầu điều phối, chỉ đạo các hoạt động ứng phó khẩn cấp theo kế hoạch. Tuỳ theo tình hình thực tế và diễn biến của dịch, Ban Chỉ đạo tham mưu, đề xuất với UBND TP chỉ đạo các sở, ngành, quận, huyện, thị xã triển khai các biện pháp bổ sung cho phù hợp.

Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có trách nhiệm tham mưu Ban Chỉ đạo thành phố, UBND TP trong việc triển khai các hoạt động tương ứng với các tình huống. Đồng thời, chủ trì, phối hợp với các sở, ngành liên quan, UBND các quận, huyện, thị xã triển khai ngay nhiệm vụ và chỉ đạo của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Trực tiếp chỉ đạo, đôn đốc, kiểm tra các địa phương trong việc chuẩn bị các điều kiện cần thiết để ứng phó dịch như: Xây dựng kế hoạch ứng phó của địa phương, chuẩn bị vật, hoá chất, nhân lực và các phương án cụ thể trong mỗi tình huống dịch. Ban hành hướng dẫn các biện pháp kỹ thuật xử lý đàn gia cầm, tiêu độc khử trùng và xử lý địa bàn khi phát hiện vi rút cúm A/H7N9, giết mổ và tiêu thụ gia cầm an toàn. Chủ động phối hợp chặt chẽ với các đơn vị của Sở Y tế và Sở Thông tin và Truyền thông xây dựng thông điệp truyền thông phòng chống cúm A/H7N9...

Sở Y tế chủ động phối hợp với Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn điều tra dịch tễ, giám sát dịch bệnh và triển khai các hoạt động phòng, chống dịch trên người; phối hợp với các Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Thông tin và Truyền thông và cơ quan thông tấn báo chí xây dựng thông điệp truyền thông, hướng dẫn kỹ thuật cũng như tổ chức tuyên truyền phòng chống dịch...

Sở Công thương, tiếp tục triển khai hiện quả Đề án phòng ngừa, ngăn chặn vận chuyển và kinh doanh gia cầm, sản phẩm gia cầm nhập khẩu trái phép; chỉ đạo đội cơ động liên ngành kiểm soát chặt chẽ việc lưu thông vận chuyển đặc biệt tại các trục đường ra, vào thành phố, các chợ bán gia cầm sống; kiên quyết xử lý gia cầm, sản phẩm gia cầm không rõ nguồn gốc, gia cầm nhập lậu, gia cầm chưa qua kiểm dịch của cơ quan Thú y; xây dựng kế hoạch, phương án cung cấp thực phẩm thay thế và bình ổn giá.

Công an thành phố chỉ đạo lực lượng phối hợp với các sở, ngành liên quan đấu tranh, ngăn chặn, xử lý các trường hợp buôn bán, vận chuyển gia cầm, sản phẩm gia cầm không rõ nguồn gốc; lập chuyên án đấu tranh với các đối tượng vận chuyển, buôn bán gia cầm nhập lậu qua biên giới; chỉ đạo các đơn vị tham gia trực các chót kiểm dịch liên ngành thanh gia đầy đủ và thực hiện đúng chức năng, nhiệm vụ.

Sở Thông tin và Truyền thông, chủ trì, phối hợp với các sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Công thương tổ chức thông tin, tuyên truyền về tình hình dịch bệnh và các biện pháp phòng, chống để nhân dân biết và chủ động thực hiện...

Sở Tài chính chủ trì, phối hợp với các sở Kế hoạch và Đầu tư, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng kế hoạch kinh phí phục vụ hoạt động phòng chống dịch, đặc biệt cho công tác giám sát, phát hiện các chủng vi rút cúm gia cầm mới và dự phòng đủ kinh phí cho hoạt động ứng phó khẩn cấp đối với các chủng vi rút cúm gia cầm nguy hiểm có khả năng lây sang người.

Bộ Tư lệnh Thủ đô chỉ đạo lực lượng phối hợp với các sở, ngành, địa phương trong việc ngăn chặn nhập lậu gia cầm, sản phẩm gia cầm trên địa bàn thành phố. Tuỳ theo diễn biến dịch, chỉ đạo lực lượng quân y và lực lượng khác sẵn sàng tham gia hỗ trợ công tác phòng chống dịch.

Sở Giao thông Vận tải ban hành chỉ thị nghiêm cấm các loại phương tiện vận tải vận chuyển gia cầm, sản phẩm gia cầm không rõ nguồn gốc, xử lý nghiêm các chủ phương tiện vi phạm...

UBND các quận, huyện, thị xã, trên cơ sở kế hoạch ứng phó của thành phố, xây dựng kế hoạch của địa phương để chủ động tổ chức thực hiện.