Hiện nay, trên địa bàn thành phố có 15 hệ thống CTTL với 95 hồ chứa, 2.033 trạm bơm, 12.444km kênh mương các loại, có nhiệm vụ bảo đảm cấp nước tưới, tiêu cho khoảng 200.000ha đất canh tác cả năm. Thế nhưng, trong một thời gian dài, do ý thức, trách nhiệm quản lý và bảo vệ các CTTL của cấp ủy, chính quyền và nhân dân còn nhiều hạn chế nên tình trạng vi phạm hành lang CTTL diễn ra tràn lan ở hầu hết các quận, huyện, thị xã. Theo số liệu tổng hợp của Chi cục Thủy lợi Hà Nội, tính đến hết quý I-2015, tổng số vụ vi phạm các CTTL trên địa bàn thành phố là 15.055 vụ, đã giải tỏa được 1.610 vụ, còn tồn đọng 13.445 vụ. Trong đó Công ty Thủy lợi Sông Nhuệ tồn đọng 7.900 vụ, Công ty Thủy lợi Sông Đáy gần 4.000 vụ, Công ty Thủy lợi Sông Tích gần 940 vụ, Công ty Thủy lợi Hà Nội 530 vụ, Công ty Thủy lợi Mê Linh 48 vụ. Cụ thể mức độ vi phạm như sau: Xây nhà cấp 3, cấp 4 trong hành lang các CTTL là 5.200 vụ; dựng lều, lán, nhà xưởng, lò gạch, công trình phụ gần 3.660 vụ; trồng cây, đào ao, đổ phế thải là 1.650 vụ; các vi phạm khác hơn 2.800 vụ. 

Theo Chi cục trưởng Chi cục Thủy lợi Hà Nội Nguyễn Vĩnh Liên, những trường hợp vi phạm này đều đã được các xí nghiệp thủy lợi lập biên bản, đề nghị chính quyền địa phương xử lý, nhưng hiệu quả chưa cao; thậm chí có những trường hợp cơ quan quản lý đến lập biên bản nhiều lần đã bị người dân chống đối dẫn đến vi phạm tái diễn. Nguyên nhân của tình trạng này là do chính quyền một số địa phương chưa tích cực vào cuộc, sự phối hợp giữa chính quyền cơ sở với các công ty thủy lợi chưa chặt chẽ nên việc thực hiện nhiệm vụ quản lý, kiểm tra, phát hiện, xử lý vi phạm chưa kịp thời và triệt để dẫn đến vi phạm chồng lấn vi phạm. Điển hình như các trường hợp: Ông Trần Nam Thắng ở xã Ba Trại (Ba Vì) đổ đất lấn chiếm lòng hồ Suối Hai; 13 hộ dân ở xã Sơn Hà (Phú Xuyên) xây dựng trên lòng kênh hay hàng chục trường hợp làm cầu tại xã Tiên Phương (Chương Mỹ)... từ nhiều năm nay, đều bị các xí nghiệp thủy lợi lập biên bản nhiều lần và đề nghị chính quyền địa phương ngăn chặn, giải tỏa nhưng hiện vẫn ngang nhiên tồn tại. 

Nghiêm trọng nhất là trường hợp của ông Trần Nam Thắng, sau mỗi lần lập biên bản vi phạm, ông Thắng lại lấn chiếm thêm hàng nghìn mét vuông mặt nước hồ Suối Hai nhưng không bị chính quyền xã Ba Trại và huyện Ba Vì ngăn chặn, xử lý kịp thời. Ông Nguyễn Trọng Anh, Trưởng phòng Kỹ thuật (Xí nghiệp Thủy lợi Chương Mỹ) cho biết: Qua rà soát, hiện nay trên địa bàn huyện Chương Mỹ có tới 1.390 vụ vi phạm trên hệ thống thủy lợi. Các trường hợp vi phạm đều được đơn vị lập biên bản đề nghị chính quyền các cấp xử lý, giải tỏa, song kết quả đạt được rất thấp. Bởi có một nghịch lý tồn tại nhiều năm nay là một bên cứ lập biên bản, còn bên xử lý vi phạm thì thờ ơ, thậm chí chính quyền các xã buông lỏng quản lý, không có biện pháp răn đe dẫn tới vi phạm ngày càng nhiều. 

Để ngăn chặn tình trạng vi phạm tràn lan trên hệ thống CTTL, theo Phó Giám đốc Sở NN&PTNT Trần Thanh Nhã, các địa phương cần tăng cường công tác quản lý, kiên quyết giải tỏa những vi phạm từ khi mới phát sinh; trước mắt tập trung xử lý, giải tỏa các trường hợp lấn chiếm lòng kênh, bờ sông, bảo đảm thông thoáng dòng chảy trong mùa mưa bão 2015. Về lâu dài, chính quyền địa phương thành lập các đoàn kiểm tra, rà soát những vi phạm còn tồn đọng để tiến hành cưỡng chế. Các công ty thủy lợi của thành phố cần phối hợp chặt chẽ với chính quyền huyện để nâng cao trách nhiệm, năng lực trong quản lý, khai thác bảo vệ CTTL; coi công tác quản lý và bảo vệ CTTL là việc làm thường xuyên, lâu dài. Đồng thời Chi cục Thủy lợi đẩy nhanh xây dựng phương án cắm mốc chỉ giới xác định hành lang CTTL để làm căn cứ quản lý, khai thác và bảo vệ. Bên cạnh đó, các địa phương đẩy mạnh công tác tuyên truyền pháp luật đến người dân. UBND các xã, thị trấn phải xây dựng phương án bảo vệ kênh mương, hồ đập, trạm bơm để hạn chế vi phạm, nâng cao năng lực tưới, tiêu phục vụ sản xuất nông nghiệp và phòng chống úng ngập cho Thủ đô.