Thực hiện Nghị quyết số 15/2008/QH12 ngày 29/5/2008 của Quốc hội (khóa XII) về việc điều chỉnh địa giới hành chính thành phố Hà Nội và một số tỉnh liên quan. Ngày 07/11/2008, Chi cục Thủy lợi Hà Nội được thành lập theo Quyết định số 1901/QĐ-UBND của UBND thành phố Hà Nội (trên cơ sở tổ chức lại Chi cục Thủy lợi thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT Hà Tây với Phòng Thủy lợi thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT Hà Nội). Chi cục Thủy lợi Hà Nội là đơn vị trực thuộc Sở Nông nghiệp và PTNT Hà Nội, tham mưu giúp Giám đốc Sở Nông nghiệp và PTNT, UBND thành phố Hà Nội thực hiện quản lý nhà nước về chuyên môn thủy lợi, lĩnh vực quy hoạch, quản lý, khai thác, bảo vệ các hệ thống công trình thủy lợi, hồ đập, công tác phòng, chống hạn hán, úng, ngập, nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn trên địa bàn Thành phố theo quy định của pháp luật.

Từ khi được thành lập đến nay, được sự quan tâm của Bộ Nông nghiệp và PTNT, UBND Thành phố, sự chỉ đạo sát sao của Lãnh đạo Sở Nông nghiệp và PTNT, sự phối hợp chặt chẽ giữa Chi cục Thủy lợi và các phòng, ban thuộc Sở, UBND các quận, huyện, thị xã, các Doanh nghiệp Thuỷ lợi… và đặc biệt là sự nỗ lực phấn đấu của tập thể cán bộ, công chức, người lao động trong đơn vị, Chi cục Thuỷ lợi Hà Nội đã hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao. Những thành tựu và kết quả đạt được sau 10 năm hợp nhất của Chi cục Thủy lợi có ý nghĩa vô cùng quan trọng, đóng góp to lớn vào thành tựu chung của ngành nông nghiệp thủ đô. Huân chương lao động hạng Ba mà Đảng và Nhà nước tro tặng cho Chi cục là sự ghi nhận những nỗ lực, phấn đấu của toàn thể cán bộ, đảng viên, công chức và người lao động của Chi cục Thủy lợi.